Benjamín Gutiérrez comenzó sus estudios de piano bajo la cuidadosa enseñanza de su abuela, Doña Rosa Jiménez Núñez. Ella le enseñó durante mucho tiempo, hasta que se dio cuenta que ya no había nada más que enseñarle a su joven nieto. Por lo que recomendó que el muchacho debía estudiar en un conservatorio, de reciente apertura, que estaba en el Colegio de Señoritas. Allí ingreso Don Benjamín para seguir sus estudios de piano siendo aún adolescente. Su maestro, Don Miguel Angel Quesada, le dijo que debía practicar al menos 3 o 4 horas diarias para perfeccionarse, de lo contrario no valdría la pena seguir estudiando. Así que el joven Gutiérrez dejó las aulas del Liceo de Costa Rica y se matriculó en el Omar Dengo, que era nocturno y le permitía así practicar de día y asistir a clases en las noches. 

Su maestro se dio cuenta que su talentoso alumno ya había aprendido lo que debía de él, por lo que le persuadió para que cursara estudios en Guatemala con una beca. El padre de Don Benjamín estuvo deacuerdo y este se trasladó al Conservatorio Nacional de Guatemala para estudiar Piano y Composición con el Maestro belga Augusto Ardenois; allá obtuvo el Bachillerato universitario.

Regresó a Costa Rica, y en 1957 presentó la ópera Marianela, primera muestra de este género que se presentó en Costa Rica. Esto le valió la obtención de una beca para cursar estudios de maestría en el New England Conservatory of Music, de Boston, Massachussets. Allí obtuvo el grado de Master of Music. Durante su estadía en Estados Unidos llevó a cabo estudios en Aspen, Colorado, Ann Arbor, Michigan y San Juan Puerto Rico, lo cual lo enriqueció, aún más, en su ya prolífica carrera.

En 1964 fue becado por el Centro Latinoamericano de Altos Estudios Musicales en el Instituto Torcuato Di Tella en Buenos Aires. Allí llevó a cabo estudios de Composición y Orquestación contemporánea, bajo la dirección del laureado compositor latinoamericano Alberto Ginastera, a quien se considera el mejor compositor de América Latina.